这时候李秀成已亲将１０万人，抵达丹阳，震于张国梁的威名，不敢造次，步步为营地向丹阳城下逼近。张国梁开丹阳南门迎敌，太平军望见“张”字帅旗，立即撤退，而张国梁实力不足，未敢穷追，此时他最主要的工作，便是收容散兵游勇，编组成军，好稳住阵脚。
收集溃散之卒，最要紧的是照料生活，可是这批饥卒疲兵，既无营帐可以容身，亦无铁锅可以造饭，至于其他军需，更不用谈起。部队成了这样子，不但不能拒敌，而且如置火药于热灶之上，是件极危险的事。
闰三月二十九，清军不战自溃，顿兵观望的太平军，向丹阳西门进击，其时一片混乱，但见张国梁率亲兵，往来驰骤，不断冲杀，却无法杀出重围，而太平军改扮清军，乘机混入溃卒中，反向张国梁袭击，以致浑身重伤，力竭时还手杀数敌，跃马入丹阳南门尹公桥下而死。
李秀成占领丹阳，第一件事就是找寻张国梁的尸首，以礼葬在尹公桥塔下。接着，送陈玉成渡江佯攻扬州，而仍派刘玱琳为先锋，直逼常州。
常州本地人，决意自保，溃兵过境时，老百姓在城上抛掷砖石，用意是迫他们不可溃退，但无效果。第二天，和春与许乃钊脱险到常州，连随从只得十二骑，王浚则死在乱军中了。
何桂清见此兵败如山倒的景象，吓得心胆俱裂，“力保常州”的壮语，早已抛到九霄云外。同时接替王有龄而总管粮台的卸任按察使查文经，迎合意旨，邀集同官，向“大帅”上一通“公禀”，请退保苏州。何桂清大喜，当即批示“照准”，即日拜折，说钦差大臣和春已到常州，军务仍归督办，他则移驻苏州，以便筹饷接济。
这一下招致了常州百姓大大的惊惧与不满。在先前，何桂清已密遣亲信，将他那“门稿”出身的老太爷与两个姨太太送到通州，却又贴出告示，派兵按户严查，不得迁移，以免影响民心士气。至此，狐狸尾巴完全露了出来，无锡、常州的民姓，一向对利害观念的感觉比较尖锐，所以有“无常一到，性命难逃”的谚语，何桂清玩弄常州人于股掌之上，自然难逃性命；四月初一那天，常州耆绅到总督行辕去“跪香”，留他勿走。
何桂清岂肯留在危城？一面派人敷衍，一面乔装改扮，溜出东门，正待上马时，遇见在城外巡逻的常州府知府平翰。
何桂清当他是来追自己回城，亲自拔出洋枪，威胁平翰，等他一走，何桂清率五百亲兵，绝尘而去，１０里外运河边上，已有船在等着，下船直放苏州——他是第二个脱逃的大吏，第一个是查文经，前一天上公禀为何桂清开路，以此“功劳”，得用“护运饷银”为托词，奉总督批准，先期脱出。
何桂清到达苏州，碰了个大钉子，这是后话，先要叙常州的情形。
常州官场，从总督逃之夭夭，变成群龙无首，文武官员尽皆奔散。明、清两朝，地方官的威权特重，总督开府，出巡的派头，连王公都不能比，但有一条决不可移易的原则，就是“守土有责、城在人在、城亡人亡”。如今何桂清一走，弃地的责任，归他一肩承担，文武官员，乐得避危趋吉，王有龄告诫何桂清“不得离常州一步”，原因在此。
文武官员一逃，诸军皆溃，既烧且抢，无所不为，只有张玉良的部队未散，但军纪亦很坏。张玉良为防守计，下令坚壁清野，他的部下便借烧民房的机会大肆劫掠，丹阳的溃兵，如法炮制，三番抢劫，民无孑遗而常州毕竟未曾守住。
先是官军有一营通敌，迫使张玉良退往无锡高树，但城外的居民无屋可住，退入城内，城内存银７４万两，柴米油盐及一切生活必需的杂货，存量相当充足，所以当地绅士中，以康熙名臣赵申乔的六世孙赵振祚为首，倡议举唯一不逃的官员，职居通判的旗人诺穆布为“城主”，自行守城。李秀成、李世贤、杨辅清自四月初二围攻常州府城，并致书招降，到了初六，张玉良留在城内的一小队，与太平军有了勾结，纵敌以绳梯登城，常州沦陷，太平军屠城，死的人不计其数。
常州城破之日，逃到无锡浒墅关的和春，悔恨交集，吞鸦片自杀。其时何桂清已到苏州，徐有壬闭城不纳，下令凡总督的随后，一个人不许进苏州。同时上疏严劾何桂清弃城丧师，纵兵殃民。何桂清无奈，由苏州到常熟，当地绅士递了一个公禀，说“常熟小邑，不足烦督府亲驻，请免税驾以召寇”。何桂清表示亲兵缺饷，当地百姓送了１０００两银子的饷，２００两银子的程仪，何桂清住了３天，以借洋兵为名，逃到上海。
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太平军既下常州，第４天进攻无锡，张玉良倒是狠打了一阵，无奈众寡不敌，太平军别遣一军绕出九龙山之西，由间道攻无锡，只守得一日，即已沦陷。张玉良收集残部，奔向苏州，自请助守，徐有壬不放他进城，指定他屯兵葑门外。
其时东来的溃卒，一批一批地烧抢，城外富庶之区，成了一片瓦砾，苏州人恨极了官兵，竟发现了反动的标语，张玉良见此形势，一无可恋，连夜拔营遁走。
其时苏州城内，已有两名太平军的间谍埋伏着，一个叫李文柄，广东人，原跟小刀会刘丽川在上海起事，上海克复，投降官军，以后改了名字，捐官候补道，分发苏州，走门路做了带兵官。另一个叫何信义，也是广东人，候补知府，带过抚标中军。这两个人等李秀成的军队一到，开城出降，正好遇上徐有壬带兵在巡逻，于是短兵相接，展开巷战，徐有壬不屈被害。李秀成只派了２７０多人进城，就占领了苏州。
太平军的东征，初步至此告一段落。此一役也，清军降的有五六万，所获金银财宝、大炮洋枪无计其数，到了四月下旬，继续东进，昆山、太仓、嘉定、青浦、松江，相继易主，东南膏腴之地，尽入太平军掌握，于是决定第二阶段的计划，进攻上海。
在上海的两江大员有总督何桂清及由藩司坐升的江苏巡抚薛焕。何桂清这时已上了奏折，说“和春溘逝，兵勇解体，大局摇动，非臣书生所支持。”文宗接奏震怒，亲笔批示：“平时侈谈彼短，一旦决裂，不知认罪，犹以书生自居，可叹可恨，殊有愧书生二字。”
所谓“侈谈彼短”者，指他在江苏学政任内，一再上书论兵，对他的同年江苏巡抚许乃钊，多所指责而言。许乃钊虽不知兵，但先练“抚勇”攻小刀会刘丽川，次则在和春大营，身临前线，进退与共，而何桂清拥兵自卫，置精锐于无用之地，以致江南大营因势孤而陷，已不可恕，及至太平军自东而至，丹阳未失，镇江屹然，常州则兵粮俱足，民气可用，居然望影先逃，并且在老绅跪香攀辕时，命亲兵以洋枪轰击，杀无辜１９人之多，真所谓丧心病狂，衡诸国法、天理、人情，都非杀不可。
然而京内消息隔膜，江南人“都曰可杀”，京朝大老，却颇有人为何桂清缓颊。先是当江南大营一破，文宗忧虑苏常不保，大学士军机大臣彭蕴章还说：“何桂清驻常州，筹划精详，又有张国梁、张玉良一批骁将，文武协力，战守有余，苏常必保无虞。”不数日败讯到京，文宗痛责彭蕴章无知人之明，因而解除军机大臣的职务。同时，何桂清被革职查办，以曾国藩为两江总督兼钦差大臣，督办江南军务。
当时湘军还未入江苏地界，江苏的最高地方长官是薛焕，他是何桂清所提拔的人，自然向着何桂清，其次是浙江巡抚王有龄，也要救何桂清，所以多方庇护，一再联衔上奏，“请弃瑕录用，俾奋后效，以赎前愆”，文宗不许。于是又说他在上海激励团练，运动内应，设法光复苏州，请求等到苏州克复，再赴京伏罪，文宗又不许。以后英法联军内犯，文宗出奔，接着发生辛酉政变，肃顺被诛，恭亲王掌国，两宫太后垂帘听政，由于这一连串的大事，拿问何桂清一案，便拖了下来，容他在上海苟且偷生了两年。
同治元年四月，朝中大局已定，于是何桂清不能不就逮，解到京城下刑部大狱，主审的秋审处四总办中，有一个是直隶司的郎中，名叫余倬光，正好是常州人，冤家遇着对头，何桂清就没有活路了。依照大清律，“封疆大吏失守城池”应得的罪是“斩监候”，但秋后处斩，须先经御笔“勾决”，这就有了一丝生机，到时候可以设法为他乞恩缓决。所以余光倬加上一条罪名，说他“击杀执香跪留父老１９人，忍心害理，罪当加重”。因而拟了“斩立决”，余光倬必杀何桂清，虽有私憾，但论法则亦实无活理。当时的刑部尚书是云南昆明人赵光，他是嘉庆二十五年的进士，这一榜是名榜，出了个连中三元的广西人陈继昌，榜眼叫许乃普，就是许乃钊的胞兄，以此渊源，赵光对何桂清如何制和春、张国梁的肘，如何失陷苏常、如何纵兵殃民，十分清楚，所以传说在何案定谳覆奏的折子中，赵光有这样的警句：“不杀何桂清，何以谢江南百万生灵？”赵光为人庸愚，但这句话却是义正辞严的公论。
慈禧太后当时垂帘未几，处事以君臣“同治”为宗旨，对于刑部定拟的罪名，不肯轻作裁决，降旨命大学士六部九卿科詹科道会议，这就是明朝的“廷议”，是件很郑重的事。会议结果，如刑部所议，而慈禧太后还不忍轻杀大臣，另有一道懿旨。
懿旨上这样说：“何桂清曾任一品大员，用刑宜慎，如有疑义，不妨各陈所见。”这意味着，“上头”预备网开一线，所以跟何桂清有交情的、受了运动的，或者间接有关系可能受株连的，本以为何桂清罪无可逭，救亦无用，而在廷议中默无一言者，此时纷纷上疏论救，总计有１７人之多。
一马当先的是大学士管部的祁隽藻，他的行辈甚高，在当时已列入耆宿之列，山西寿阳人，所以多称他为“寿阳相国”。此人还存着清初贰臣的观念，当曾国藩办团练，出师有功时，他居然以为汉人一呼而集万千众，非朝廷之福。此时上疏救何桂清，首先就引用嘉庆的谕旨：刑部议狱，不得有加重字样。认为余光倬所拟，不合祖制。此外如工部尚书万青藜、御史高延祜，都是声名不佳的人物，而薛焕感恩知遇，又以重金替何桂清在京里走门路，所以初夏被逮，到深秋还拖在那里。
慈禧太后为了笼络大臣，倒不一定想杀何桂清，但正人君子饶不过他。首先是最早参劾何桂清的御史卞宝第，抗章驳祁隽藻。原疏抬出仁宗睿皇帝的圣谕，这顶帽子太大，本难指驳，而卞宝第驳得十分痛快，他说仁宗上谕，只就承平时期寻常罪名而言。轻轻一语，就把他那顶大帽子卸掉，然后又说：道光年间浙江提督余步云失定海，咸丰年间湖北巡抚青拕失武昌，皆以失陷封疆伏法，其时祁隽藻当军机大臣，没有听见他说什么话，“何独于何桂清护惜若此？”这个奏折一发抄，时论大快。
不过，何桂清生死之机，最后决于一个人，就是曾国藩。
当时京卿中有个李棠阶，河南人，跟倭仁、曾国藩都是当年做京官时讲理学的朋友，慈安太后听文宗生前提到过这个人，所以特旨内召，任用为太常寺正卿，当浮议嚣张时，李棠阶上一个密折，说是：“刑赏大政，不可为谬悠之议所挠，今欲平贼，而先庇逃帅，何以作中兴将士之气？”这是撇开刑律及何桂清个人的祸福，以大局军务为着眼点，东南军事在着着进展之时，自然不能做出打击士气的事情来，所以，连慈禧太后看了这个奏折以后，态度也迅速地转变了。
何桂清这一案的关键，本在他为何由常州脱逃？如果这一点能有所辩解，则可以不死，所以刑部审问时，他提出一份薛焕等人所具的公禀，请他退到苏州，以保饷源重地，证明他本心并不打算弃地。事过境迁，当时是否有必要退至苏州？是非无从判断，同时这张公禀，究竟真的出于当时，还是事后补具，以为卸责的余地，亦无从查究，因而朝廷特意降旨，命现任两江总督曾国藩查核具奏。
曾国藩身在两江，疮痍遍地，目击心伤，而且他带着兵负破敌的全责，亦不能不为士气着想，因此，一向不大肯说题外之话的他，覆奏措词，如老吏断狱，犀利无比。
曾国藩的覆奏是这样说：“督抚权尊，由来已久，司道以下，承迎风旨，不敢违拒，若此类者，无庸深究，疆吏以城守为大节，不当以僚属一言为进止；大臣以心迹罪状，不必以公禀有无为权衡。”
这几句话精警绝伦，无人可驳。而在曾国藩覆奏未到以前，救何桂清的祁隽藻等人，费尽九牛二虎之力，已搞出一丝生机，至此又复断送。
祁隽藻他们所想的办法，就是将何桂清的罪名，弄成斩监候。为达成此一目的，分两方面迂回进行，一方面在廷议中格于公论，仍照刑部所拟“从重拟以斩立决”；一方面由祁隽藻领衔上奏，说“遍察刑律如临阵而退、弃城先逃等条，罪至斩监候而止”。加重罪名至斩决，“是为拟加非律”，也就是说超乎律法以外，非臣下所得擅请。然后由军机面奏，拟发上谕：此案既叠经廷臣等会同刑部定拟罪名，自应按律科断，即不必于法外施刑，以昭公允，何桂清着仍照本律，定为斩监候，归入“朝审”“情实”，秋后处决。此后为定照定律，详慎用刑之意起见，非为何桂清情有可原，将来可从末减，致蹈轻纵也。
这道上谕，看起来合法、合理，一秉大公，毫无可议，其实是军机上欺两宫太后问政未几，不谙制度，用的是瞒天过海的手法，因为这年是同治元年，凡遇改元，太后皇帝整生日等等庆典，照例“停勾”，所谓“归入‘朝审’‘情实’，秋后处决”，根本是空话。
所谓“朝审”，起于明朝英宗复辟以后的天顺三年，将待决之囚，在霜降以后处决以前，作一次最后的审判。对各省的死囚而言，此一程序称为“秋审”，而刑部狱中的死囚，则称为“朝审”，由刑部特选精干的司官人员，组织秋审处，主办其事。朝审或秋审的结果，分为五类：情实、缓决、矜疑、留养、承祀，最后两类多为独子以承宗祧，奉养父母，可以不死，缓决、矜疑则尚待进一步审讯，惟有情实一类，则在勾决之列，须另缮黄册呈览。不过，这年虽然停勾、招审册，仍应照呈，何桂清的罪名，已指明为“情实”，却由于打通了秋审处的关节，而余光倬势孤不能力争，所以未将上谕中“非为何桂清情有可原，将来可从末减，致蹈轻纵”的“紧要之语”叙入，企图蒙混过关，不想又遇到了一个硬铮铮的对头。
这个对头就是李棠阶。军机大臣中除了恭亲王以外，本以恭亲王的老丈人桂良为首，桂良在咸丰八年与英法公使在上海议和时，深得何桂清的助力，所以何桂清被逮到京，他亦很出力相救。哪知这年夏天一病而亡，军机大臣空出来一个缺，秋天补了李棠阶，此时便根据曾国藩的覆奏力争，因而降旨切责刑部，严加申饬。
于是刑部补具手续，特降谕旨：已革两江总督何桂清一犯，因廷臣会议，互有异同，酌中定议，将该犯比照带兵大员失陷城寨本律，予以新监候，秋后处决，已属法外之仁。
今已秋后届期，若因停勾之年，再行停缓，致情罪重大之犯，久稽显戮，何以肃刑章而示炯戒？何桂清著即行处决！
于是何桂清被绑赴菜市口，一刀斩讫。而余光倬则跟何桂清的私党结了怨，而本来已考上了御史，而且“京察”一等，照例立即可以升补，为人借故弹劾，京察一等及御史记名，一律撤销，竟致闲废。
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现在再回头来谈王有龄。
他是咸丰十年闰三月初到杭州的，一到先办善后，李秀成初次攻占杭州，虽只逗留了七天功夫，但杭州府属的百姓，死了二十几万。城是空城，大小衙门统通烧光，无钱无粮，而要抚辑流亡，确是大不易之事，好在他跟浙江的关系特深，又有朱大器帮忙，勉强修葺城墙，制造器械，将张国梁所部以及他自己从江苏带来的亲兵，总共三千人不到，分驻各处，算是防务粗定。
但不过一个月的功夫，江苏的局势急剧恶化，太平军势如破竹地一路打过来，占领松江，并已迫近浙江边境，果然，四月二十四日嘉兴失守。此时如果长驱南下，杭州可能早已不守，但太平军的基本战略，是要巩固“天京”外围，如果进攻杭州，则一线深入，自蹈危地，为兵家所忌。
太平军当时的第一目标是上海，如能攻占上海，则不但海关的洋税，大堪润泽，而且有了通外洋的海口，购旧船二十艘，水陆并进攻湖北的计划可以实现，同时军械粮食，亦可犹得源源接济。因此，嘉兴的一支兵，为攻上海的后备，自然不肯用于无用之地的杭州。
但是，东北面的压力虽不重，西北面却又吃紧，广德失守，总兵米兴朝退至孝丰。接着，陈玉成佯攻扬州，牵制官军的任务，由于李秀成席卷吴中而完成，回金陵休养数日，于六月初五日由宜兴入浙江，连占长兴、于潜、临安，１３天攻到余杭，离杭州只有几十里的路了。
其时浙江的兵力，以不受徐有壬欢迎的张玉良一军为主，正在嘉兴一带防守，浙江除了湖州附近以外，就数嘉兴到杭州这一段最富庶，为保饷源，这一路不能不着力防守，所以张玉良一军不能撤回相救。此外，福建的援兵未到，江西有援兵三千人，却远在玉山，只有守门的三千余人，可以调遣，带兵官叫刘季三，是个总兵，受命拦截，在杭州城北的拱宸桥遭遇，王有龄亦带队上城墙助战，刘季三总算打得不错，身先士卒，亲以洋枪毙敌。太平军暂时退走，但大队有十几万人之多，而官军总数只得一万三千，就在这众寡悬殊，形势危殆之际，陈玉成忽然得了重病，不能指挥。
于是陈玉成全军撤退，余杭、临安、于潜、富阳、新城等地，相继克复，杭州暂时转危为安。但是，军饷却成了大问题。
浙江全省军饷，每月需四十几万。当时筹饷的方法，各地大同小异，大同者，取之于商民的厘捐，小异者，税源因地因时而有差别。浙江的厘捐，以丝茶为大宗，皖南一途，兵连祸结，茶商裹足，此外行销江西徽州的所谓“饷盐”，亦由于烽烟处处，道路艰难而无法运销，厘捐收入，大不如前。
除本省自筹以外，又有所谓“协饷”，靠比较平靖而富庶的省分协助，浙江每月的协饷是：江西６万、湖南３万、四川５万。此时都自顾不暇，根本不解，只偶尔福建有所接济。
这样通扯计算，每月要差半数，王有龄虽以善于筹饷著名，但差额过大，亦有难于弥补之苦。
幸好，李秀成对上海发动的攻势，受到了有力的打击，所以整个东南大局，犹有可为。
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江苏膏腴之地，其时只剩下冯子材一军苦守镇江，以及上海与浦东三县而已。但上海由于租界的关系，造成了畸形的繁荣，所以关税百金，数倍于往昔。在何桂清未失苏常以前，上海的官商就有自保的计划，官则苏松太道吴煦作主，商则四明公所的董事杨坊为首。同时，英法领事为了维护其在上海侨民的生命财产及商业利益，亦支持吴煦与杨坊的计划。
这个计划是招募洋人编练洋枪队。有个美国纽约人，叫做弗立克·华尔，军校出身，在国内犯了法，亡命到上海，本来是想投效太平军的，为人所劝而中止。结果为吴煦所物色——一说华尔为美国领事署所逮捕，预备押解回国，归案审判，经吴煦代为向美国领事说项，得获解放，华尔受惠感恩，是自愿投效的。
华尔所编组的洋枪队，以菲律宾人为主，总数只一百，另外招募了几百中国人，一半改穿西服，冒充外国人，一半仍着常服，跟在队伍后面，聊壮声势。就凭这一支怪队伍，经过一个半月的训练，居然大败太平军于松江。
主要的原因，中国人当时虽已会用洋枪，但由洋枪而来的“兵法”，却茫然无知。当华尔率队出发之前，他就下了严厉的命令：“有进无止，止者斩！”等到两军相接，李秀成的所属陆顺德的部卒，枪炮齐发，火网甚密，华尔只是下令“卧倒”，太平军的枪炮完全虚发。等打过一阵，华尔下令还击，１２０人的排面，打了一排枪，第二批接着来，然后第一批趁此空隙装子弹，接着第二批再打。一共只打了３排枪，太平军就死了几百人，败退入城，华尔领先冲锋，跟着到了城里，展开巷战，太平军四散溃逃，松江城就这样轻易地克复了。
当华尔出发以前，吴煦曾经禀明已升为江苏巡抚的薛焕，只要攻入松江，太平军的一切，以及官府库藏，都归洋枪队所有。因此，太平军一退，华尔首先就清查战利品，谁知打开府库一看，空空如也，太平军早已席卷而去。华尔跟吴煦提出交涉，结果另外送了他五千银子，作为补偿。
于是华尔以松江为根据地，扩充洋枪队，六月间曾一度进攻青浦，未曾得手，上海得此犄角之势，总算稳住了。
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在浙江的战事，始终紧张。张玉良攻嘉兴狠打了几场胜仗，七月下旬，李秀成亲自领军对敌，血战五昼夜，相持不下。于是李秀成出奇兵自间道攻石门，此地为张玉良的粮台所在，一把火烧了军粮，前线士气，大受影响。张玉良负伤败退，太平军跟踪而下，从海宁分兵两路，一路向石门，有进犯湖州的模样，一路直扑杭州。王有龄与将军瑞昌、提督饶廷选，分守西北两城，同时因为各地都有官兵通敌的事情发生，所以王有龄下令，将散兵游勇，尽皆驱逐出城，杭州城内的治安，相当良好，但粮饷不足的困难，却愈来愈甚。