成化二十三年（1487年）八月，宪宗去世，18岁的皇太子朱祐樘即位，即为明孝宗，年号弘治。孝宗励精图治，锐意推行政治上的改良，勤于政事，注意节俭，与民休息，斥逐奸邪势力，抑制勋戚、中官等权豪近幸，从而削弱了英宗、宪宗时期太监专权乱政的现象。他任用正直、练达之士，广开言路，以虚心纳谏的态度，鼓励朝野人士敢言直谏。孝宗在位共18年，旧史上对其多有誉语。有的甚至将他和汉文帝、宋仁宗相提并论。还有的说，明代皇帝中，除太祖、成祖之外，只有仁宗、宣宗和孝宗还值得称道。故而对明孝宗冠以“中兴之令主”的称号。的确，弘治年间是明代中叶政治上一个相对稳定的重要时期，称之为“弘治中兴”，实在不无几分道理。
然而，好景不长，这种“中兴”气象随着孝宗的去世很快就消失了。弘治十八年（1505年）五月，孝宗死去，朱厚照即皇帝位，以次年为正德元年（1506年）。为明武宗，开始了长达16年的腐朽统治。
武宗在明代诸帝中以腐朽荒唐著称。其人“嗜酒而荒其志，好勇而轻其身”，整日不问政事，宠信太监，亲近佞臣。这位荒淫无道的昏君，游幸无度，穷奢极欲。在位16年，一次也没有召见过大臣。还嫌宫中生活单调，多次外出巡游，沿途抢掠妇女，纵情于声色犬马，大权则落入司礼监太监刘瑾之手。当时，刘瑾权势煊赫，人称“刘皇帝”。他所提督的特务机关内行厂以及东、西二厂，专制骄横，残酷勒索，陷害忠良，凌辱百姓，形成了黑暗不堪的恐怖统治，朝野上下怨声载道。刘瑾的专权在明代宦官中相当出名，这使得本已十分严重的宦官专政局势进一步恶化，朝政更趋腐败，社会矛盾日益尖锐，农民起义愈来愈多。据统计，自正统迄至正德年间，其中尤以正统末年、成化前期和正德时期最为集中。前后相继爆发了叶宗留、邓茂七、刘通、李原和刘六、刘七起义。与此同时，周边的鞑靼、瓦剌军事势力也屡扰边关，侵入长城以内，对国家的安危构成了威胁，使得明朝陷入内外交困的境地。
正德十六年（1521年）三月，武宗结束了他荒淫腐朽的一生。因没有儿子，由皇太后张氏和内阁首辅杨廷和定策，以武宗遗诏的名义，召兴献王的世子朱厚熄入继皇位，这便是在位时间长达45年的明世宗。嘉靖初年，世宗因杨廷和的拥戴之功，即位后便命他组阁执政。杨廷和鉴于武宗朝的弊政，锐意求治，起衰振隳，斥逐了武宗的旧宠佞幸，并推行了部分的改良措施。多少缓和了嘉靖初年的社会矛盾。为此，世宗甚至也被时人誉作“中兴圣祖”。然而，没过多久，杨廷和却因“大礼仪”之争而遭贬职。此后，世宗也很快失去了勤政的热情，嘉靖朝再次陷入弊窦丛生的局面。世宗深居内宫潜心修炼，沉湎于方士巫术，妄想成仙得道，长生不老，以永享荣华富贵。对于朝臣，他刚愎自用，动辄刑戮相加。为人又好虚荣，特别喜欢臣下的阿谀奉承和歌功颂德。他为了与内阁对抗，在朝臣中扶植亲信势力，形成了新的外廷中心，客观上为臣下拉帮结派、相互攻讦提供了滋生的土壤。从此，士大夫朋党习气日益深重，遂至牢不可破。当时，朝臣争夺首辅的斗争非常激烈，首辅之争充满着血腥的倾轧和暗算，使得朝政经常处于混乱无序的状态。特别是严嵩担任内阁首辅期间，不遗余力地网罗亲信，“文武将吏，尽出其门”，“宾客满朝班，亲姻尽朱紫”。严嵩竭力排斥、打击异己势力，大肆招财纳贿，从而造成嘉靖朝政治腐败、边防空虚的局面。此后，从嘉靖到万历初的半个世纪里，明王朝面临着内忧外患的各种社会问题。其中，东南沿海倭寇的频繁侵扰，形成了日益严重的倭患；而西北沿边则受到蒙古贵族俺答的多次入掠，特别是嘉靖二十九年（1550年）的“庚戌之变”，即大将军仇鸾徒拥重兵、与俺答骑兵相遇惨遭大败的事件，充分暴露了大明王朝军事上的虚弱，也反映了嘉靖朝严嵩专权的祸害。政治的腐败，直接导致了财政状况的急剧恶化。嘉靖四十四年（1565年），户部主事海瑞冒死上《治安疏》，他引用当时人们对世宗年号“嘉靖”的解释——“‘嘉’者，家也；‘靖’者，尽也。‘嘉靖’的意思是说‘家家皆尽而无财用。’”这确实是当时情形的真实写照。
嘉靖四十五年（1566年），世宗去世，其第三子朱载重即位，改元隆庆，此即明穆宗。穆宗在位6年，锦衣玉食，大肆挥霍浪费，财政危机日趋严重。他从不省览章奏，上朝时往往听任群臣争议，自己则不发一语，故而朝政实权落到了内阁首辅身上，争夺首辅的斗争愈趋激烈。先前在阁辅争权中取代了严嵩的徐阶，此时又为阁臣高拱所倾倒。神宗即位后，高拱和张居正同为顾命大臣。张居正联络司礼监冯保，权倾高拱，从而结束了历时久远的内阁纷争。
明神宗朱翊钧即位之初，还是个十龄幼童，对张居正颇存敬畏之心，凡事言听计从。后者在皇太后、冯保等人的支持下，大权独揽，成为明朝历史上最有权势的内阁首辅。张居正担任阁辅10年，在政治、军事、经济和文化诸方面，进行了多项重大的改革。其中，万历九年（1581年）在全国推行的“一条鞭法”，将赋税、徭役和杂税合而为一，按亩征收银两，田赋由征收实物改为征银，是中国赋役制度史上的一次重大改革。此次改革，一般看做是明代中期的下限。万历十年（1582年）张居正去世，当时神宗已年满20岁。摆脱了首辅掣肘之后的神宗，不问政事，纵情声色。他信任太监张诚，宠爱郑贵妃，生活上日趋淫糜腐化。万历十四年（1586年）下半年以后，他竟以“龙体欠安”为名长期怠政。在近半个世纪的统治中，仅于万历后期上朝过一次。此外，他不面见大臣商议国事，不亲祭太庙，不搞经筵日讲，不及时处理大臣的奏疏。这些，都使得明朝官吏的任免，处于半停滞的状态，在职的官吏不能得到正常的升迁，空缺的职位难以及时补充。以万历二十六年（1598年）的员缺情况为例，原定南、北两京应设尚书、都御史14员，当时却仅有6员。侍郎、卿寺之职也都大半空缺着，御史、给事中等官甚至不到原额的1／10。这种政事荒殆的结果，使得晚明的官僚机构近于瘫痪。与此同时，神宗怠于政事却勤于搜刮，他好货成癖，贪婪无厌，拼命追求财货，对城市工商业的掠夺在明代历史上可谓空前绝后。从万历二十四年（1596年）起，神宗派出大批宦官充任矿监税使，在全国各大城市以征商、开矿为名，肆无忌惮地掠夺民间的金银。这些宦官往往以开矿为名，强占土地，巧立商税名目，横征暴敛。他们豢养的地痞流氓常常直入民家，奸污妇女，甚至随意捕杀人民，严重摧残了江南新兴的商业和手工业，使得万历年间的社会经济急剧凋敝。为此，全国的许多城镇都曾掀起过反矿监、税使的斗争。另外，神宗往往不顾封建统治规范任意行事，从而遭到敢言直谏的朝臣的反对，朝野上下因皇帝怠政，缺少一个强有力的权力中心，故而分成派别进一步争斗不已，逐渐形成了东林党和宣、昆、齐、楚、浙各党，从而酿成了万历以来激烈的党争。党争首先开始于“争国本”。万历二十一年（1593年），发生皇位继承的危机，万历皇帝意欲立郑贵妃之子朱常洵为太子。对此，一些大臣曲意奉迎，而以顾宪成为首的一些官僚，则坚决主张应立万历皇帝长子朱常洛为太子。由于太子是皇位的继承人，故称为“国本”。对立的双方交章攻讦，朝臣中朋党林立，朝政日趋窳败，政治衰象迭现。对此，清代史学家谷应泰说过：“万历朝已处于土崩瓦解的状态。当时，百姓流亡、政治混乱，没有亡国已是相当幸运的了。”
三神宗病死于万历四十八年（1620年）七月。八月，太子朱常洛即位，改元泰昌，是为明光宗。光宗执政月余，又死，其子朱由校即位，是为明熹宗，改次年为天启元年（1621年）。光、熹时期，大臣之间的党派纷争仍在继续，朝野上下的精力，主要消磨在无休止的门户之争中。熹宗年少，对朝政漠不关心，却喜欢建造住屋，他常亲自操斧锯凿削，乐此不疲。据说，所做木工活的水平，连能工巧匠都难以比拟。以魏忠贤为首的阉党，往往在他营造正酣之际，从旁传奏文书。熹宗漫不经心地奏听完毕，总是随口答曰：“你们用心行去，我知道了。”于是，“大柄已移太阿倒”，魏忠贤等人便操纵如意，在朝廷上为所欲为，从而加剧了晚明政局的腐败。对此，后人有一首《明代杂事诗》这样写道：殿阁楼台信手为，宵衣旰食斗新奇。
戗金铁柄双龙斧，斫尽金瓯总不知。
帝王的不问政事，给魏忠贤专权创造了条件。他屡兴大狱，颁布《三朝要典》等，力图将东林党人一网打尽。此后，朝政在魏忠贤的主持下，更加混乱和恶化。
天启之后朱由检即位，是为明思宗，年号崇祯。即位伊始，便果断地铲除了魏忠贤的阉党势力，重新召用一些有声望的东林党人和不依附阉党的官僚，朝政一度颇有起色。不过，崇祯为人喜好虚荣，刚愎自用，时过不久便重蹈覆辙，使得阉党势力与东林党人之间的门户之争再度激化，朋党纷争局面一直延续到了明朝灭亡。
就在明王朝国势日趋衰颓，朝野上下一片混争声中，崇祯朝的社会矛盾和内忧外患更趋剧烈。早在万历四十四年（1616年），东北女真族崛起，在建州左卫都督努尔哈赤的领导下，逐步壮大起来，创建了大金政权（史称“后金”），虎视眈眈，成为明朝东北边境的严重威胁。在这种大敌当前、边患紧迫的形势下，明朝内部的党争仍然是无休无止。为了筹措与“后金”战争的费用，国力凋敝的明朝政府向民间残酷榨取，加派“辽饷”。当时，强加在农民头上的赋役本已相当严重，加派自然引起百姓的强烈不满，农民的反抗斗争此起彼伏。为了镇压农民的反抗，政府又相继加派了“剿饷”和“练饷”，与先前的“辽饷”，合称为“三饷”。“三饷”大大加重了百姓的负担，赋税苛重，再加上当时连年灾荒，天灾人祸纷至沓来，交相为虐，以致民不堪命，怨声四起。明熹宗天启七年（1627年），陕西灾情严重，农民颗粒无收。在饥民王二的鼓动下，首先揭竿而起，拉开了明末农民战争的序幕。此后，到了崇祯朝便迅速形成为燎原之势。起义军在李自成、张献忠等人的领导下，转战中原各地，沉重地打击了明朝统治者。特别是李自成，提出了“均田免赋”的口号，当时流传的歌谣道：“吃他娘，穿他娘，大家开门迎闯王，闯王来了不纳粮。”显然，“均田免赋”是顺应民心的口号，使得李自成在短短的两年时间内，便发展到了百万之众。崇祯十六年（1643年），李自成称新顺王于襄阳，建百官之属。继而破潼关，进取西安。次年，李自成攻占北京，崇祯皇帝吊死在煤山，明朝宣告灭亡。至此，统治中国长达276年的朱明王朝垮台了。
明亡后，其残余力量先后在南方创建了福王弘光政权、唐王隆武政权、鲁王政权、唐王绍武政权、桂王永乐政权和韩王定武政权，史称“南明”。不过，“南朝天子原风流，玉树后庭还相侔。”它们完全继承了明朝政府的丑恶腐败现象，内部纷争严重，政治腐朽不堪。譬如，弘光皇帝成天在深宫里纵情声色，他所关心的不外乎是梨园弟子殊少佳丽，而置国事于不闻不问。在他常住的宫殿里，竟有这样一副对联：“万事何如杯在手，百年几见月当头。”故而有人形容他们是“清歌漏舟之中，痛饮焚屋之内”。这样的一些政权，又岂是八旗骁骑的对手？
就在明朝灭亡前后，明宁远总兵吴三桂投靠清朝，引导清兵入关。李自成迎战失利，撤出北京，转战西北。清朝为夺取全国统治政权，先后对农民义军、南明小朝廷和台湾郑氏势力进行军事镇压，最终统一了中国，完成了明清鼎革的过程。明初措施的得失一天，朱元璋将一根棘杖掷在地上，让太子朱标十起。性格柔弱的朱标面有难色，不知所措。朱元璋和颜悦色地开导说：“你怕刺不敢拿，我替你把这些刺拔掉，然后再交给你，岂不更好？！”朱元璋的心腹之“刺”就是那些曾为明王朝立下汗马功劳的权臣勋贵们。
明太祖朱元璋非常喜欢阅读史籍，在他的生活阅历中，史书有着直接的借鉴作用，它给了朱元璋不少历代兴衰的启示。
早在大明王朝建国之前的龙凤十一年（1365年）。某日，朱元璋阅读《宋史》，当读到赵普建议宋太祖“杯酒释兵权”时，不禁击节叹赏。他深有感慨地对一旁的起居注官詹同说道：（赵）普确实是位贤相，倘若诸位将领不早日交出兵权，那么，宋朝的天下，未必就不会像五代那样动荡不安了！
在历史上，开国将领往往居功自傲，甚至功高震主。如何处置这批人，一直是历代帝王的一块心病。宋太祖的“杯酒释兵权”，不仅消除了悍军骁将拥兵自重、飞扬跋扈的危险，而且还让那些与自己出生入死的功臣元勋得以优游林下，颐养天年。这是成功处理君臣关系的一个范例。不过，处置开国功臣还有另外一类的方略，那就像中国古代的一句警语所云：“飞鸟尽而良弓藏，狡兔死而走狗烹。”这一方略的出现，远在“杯酒释兵权”之前，在历史上也不乏先例。例如，春秋时期越国的大夫文种，西汉的韩信，都为这句警语做了不幸的注脚。朱元璋以一介布衣起事，平生对汉高祖刘邦极为佩服，故而史学家历来就有“明（太）祖行事多仿（效）汉高（祖）”的说法。只是刘邦诛杀的“走狗”毕竟还相当有限，仅止于韩信、彭越和英布等几位“功高震主”的将领，而朱元璋则大开杀戒，将开国功臣杀戮殆尽。
事情得从明代开国前后谈起。公元1368年，朱元璋即位，建都南京，国号大明，年号“洪武”，史称“明太祖”。朱元璋起自淮西，和他出生入死、开国平天下的，绝大多数都出自濠州（今安徽凤阳一带）及其附近地区。其中，开国元勋汤和、周德兴等人还是他的同乡。这些文人武夫或运筹帷幄，或驰逐疆场，为大明江山的奠定立下了汗马功劳。开国之后，朱元璋论功行赏，这些人无不膺有公侯之封。其中，较为著名的有“六国公”、“二十八侯”。特别是韩国公李善长、魏国公徐达等人，地位更是尊崇。这些人以乡土、宗亲和部属关系为纽带，结成了一个盘根错节的淮西朋党集团。所谓“马上短衣多楚客，城中高髻半淮人”就是当时情形的真实写照。
淮西朋党集团中的许多人，官封公侯、爵显禄厚，并经常得到朱元璋赏赐的田地、第宅、畜产甚至人户。然而，这些功勋卓著的公侯之家，并不满足于既得的利益，而是千方百计地扩大已有的特权。他们倚仗权势，侵夺广大百姓的田地、住屋和牲畜，或者强占官地，接受无赖小民的投献。在钦赐的佃田人户和仪仗户之外，还广蓄部曲、私养庄奴，并擅自使役官军，甚至让他们坐贾行商，为自己牟取暴利。这些新贵自恃开国功高，不仅自己骄横跋扈，而且还放纵门下的悍仆豪奴凌暴乡里，鱼肉百姓。对此，朱元璋深感不安。他曾颁发敕令文告，一再告诫功臣不要居功自傲、飞扬跋扈。并将约束的条例铸成铁榜，表示若有违犯，必将严惩不贷。例如，洪武五年（1372年），朱元璋就曾颁布《申戒公侯铁榜文》；十三年（1380年）六月，颁布《臣戒录》；十九年（1386年）十月，颁布《至戒录》；二十一年（1388年）七月，又颁布了《大诰武臣》；二十六年（1393年）三月，再次颁布《稽制录》。……然而，三令五申，并未能完全制止住公侯元勋的横行。
明初的君权与相权之间的剧烈冲突，更激化了统治集团内部的矛盾，由此引发了胡惟庸案和蓝玉案。
洪武六年（1373年），淮西朋党集团的领袖李善长推荐其同乡兼姻亲胡惟庸担任右丞相。洪武十年（1377年）九月，胡惟庸升任左丞相。他做了7年丞相，任期内在朝中遍植朋党，不遗余力地打击异己，使得淮西朋党集团的势力不断膨胀。譬如，浙江青田人刘基（字伯温），曾辅佐朱元璋，立下过汗马功劳，但由于他与淮西朋党集团的矛盾，一直未受重用。洪武三年（1370年），朱元璋大封功臣，刘基仅封为诚意伯，岁禄只有240石。而李善长则功封韩国公，岁禄4000石。翌年，刘基告老还乡。然而，由于他曾对朱元璋说过胡惟庸不宜入相的话，故而深受后者的嫉恨，被借故革去岁禄。洪武八年（1375年），刘基生病，胡惟庸派医生前去看望，但刘基服药后不久便一命归西。对此，朱元璋后来断言道：“刘伯温他在这里，满朝都是（胡）党，只是他一个不从，吃他每（们）蛊了。”蛊，相传是一种由人工培养而成的毒虫，这里指下毒。显然，刘伯温是遭到胡惟庸的毒手而命归黄泉的。当然，排斥异己还不是胡惟庸案的关键所在。
事实上，胡惟庸案的症结在于——他为人过于独断专行，许多生杀黜陟等重大事件，他往往不向朱元璋请示，就擅自加以处理。这自然让权力欲极强的朱元璋，深感宰相专权、皇权旁落的危机。朱元璋曾总结历史教训：自从秦朝设立丞相一职以后，辅臣狐假虎威，宰相权重，于是出现了“指鹿为马”那样的事情。自秦以下的历代帝王，均不曾借鉴秦朝设相的危害，而是相继沿袭未改，从而对君王的统治构成了威胁，其原因就在于丞相的擅专威福。
对此，朱元璋积极采取裁抑相权的措施。如在洪武十一年（1378年），就曾下令臣下奏事，此后毋须通过中书省，而应径直禀报皇帝本人。然而，胡惟庸擅权的局面并没有因此得以彻底的解决。洪武十二年（1379年）九月，占城（今越南中南部）来贡，胡惟庸和当时的右丞相汪广洋等人匿而不奏，结果被太监告发。明太祖闻知勃然大怒，严词斥责省臣。但胡惟庸和汪广洋将责任推到礼部头上，而礼部则反唇相诘，归咎于中书省。这种相互推诿扯皮，使得朱元璋更为恼火，于是将一干人等全部囚禁起来，让他们招出主谋。不久，汪广洋被处死。接着又以汪广洋曾违法纳没官妇女为妾，下令查究胡惟庸及其六部堂属的罪行。至此，明太祖与胡惟庸朋党的矛盾已趋于白热化。
洪武十三年（1380年），涂节自首上告胡惟庸谋反。明太祖随即下令逮捕胡惟庸、陈宁和涂节等人，并以“擅权枉法”罪加以处死。胡惟庸被杀后，此案并未了结，他的罪名也在不断升级。开始只是说胡惟庸“擅权植党”，后来，又加上了“通倭”、“通虏”和“谋反”等罪名，并不断牵连、扩大化。该案的同谋犯越查越多，牵涉的面也愈来愈广，株连蔓引，持续了数年也未能了结。洪武二十三年（1390年），朱元璋再兴大狱，有《昭示奸党录》布告天下，乘机又杀了几十家的权臣勋贵。李善长、陆仲亨、唐胜宗、费聚、赵庸、黄彬、陆聚、金朝兴、叶升、毛麒、李伯升和丁玉等人，都因与胡惟庸有勾结而被处死。其中位居“勋臣第一”的太师韩国公李善长，在洪武十三年胡惟庸案始发时，因是元勋皇亲，已免于追究，但10年以后，有人以李善长的侄子系胡惟庸的侄女婿，两家往来密切，因而告发李善长与胡惟庸共同谋反，朱元璋顺水推舟，将李善长一家七十余口一律处斩。对此，清人所作的一首《明乐府》这样写道：李太师，佐命勋，当日论功称首臣。
胡为身蹈诛夷罪，毋乃耄荒辜帝恩。
李太师，起刀笔，虽乏经国才，宁少谋身术。
官为太师爵国公，富贵谁能逾此翁。
纵使惟庸改玉步，更有何官加尔躬。
人生富贵思保身，年高更念子若孙。
太师生平素畏祸，何至乘危求灭门。
又况事发十年后，罗织岂乏仇人口。
一家供状二百纸，将毋逼勒刑官手。
开国元勋犹若斯，坐令圣代少光辉。
乃知萧何下狱寻常事，汉祖何为尚见嗤！
这首新乐府认为，李善长被处死完全是一桩冤案。其实，早在李善长死后的第二年，虞部侍郎王国用就曾上书为之辩冤，认为李善长“谋反”的罪名难以成立，他指出：李善长与朱元璋同心协力，出生入死开国平天下，功居勋臣第一，生得封公，死得封王。他的儿子李祺被朱元璋招为驸马，众多的亲戚也纷纷拜官封爵。作为一位人臣，他已安享了万全富贵，其荣誉已臻于极致，绝不会冒险谋反以图侥幸。再者说来，倘若有人说他要图谋不轨，自立为帝，这一罪名或许还能成立。但现在竟说他要襄助胡惟庸谋反，则大谬不然。李善长与胡惟庸只是侄儿、侄女辈的亲家，而与朱元璋却是儿女亲家。不仅两家的亲疏不可同日而语，而且，即使李善长帮助胡惟庸谋反成功，他至多也不过仍是个“勋臣第一”罢了，其地位绝对不会比他在朱元璋手下来得更高。王国用的这些话说得句句在理，连朱元璋也被驳得哑口无言。其实，朱元璋并不是不清楚这一点。他只是利用胡惟庸案大做文章，给自己杀戮功臣制造借口。他以镇压奸党为名，趁机对那些骄横跋扈的文武官员加以整肃，凡是被罗织为胡党的官员。大多被抄家灭族。整个胡案历时约10年，总计杀了3万多人。